بسم الله الرحمن الرحيم، الحمد لله رب العالمين، والصلاة والسلام على سيدنا محمد خاتم الأنبياء والمرسلين، وعلى آله وأصحابه أجمعين، والتابعين، ومن تبع هداهم بإحسان إلى يوم الدين، وبعد:

فدعاء الاستخارة يقرأ بعد السلام من ركعتي الاستخارة.
أما تعدد النيات في العبادة الواحدة غير المفروضة فمما اختلف الفقهاء فيه، والذي أرجحه هو أن العبادة الواحدة لا تحتمل أكثر من نية واحدة، ولهذا فعيك أن تصلي ركعتين مستقلتين للاستخارة.
ثم إن النية تكون قبل البدء بالعبادة لا بعدها.

واسأل الله لكم التوفيق.
والله تعالى أعلم.