بسم الله الرحمن الرحيم، الحمد لله رب العالمين، والصلاة والسلام على سيدنا محمد خاتم الأنبياء والمرسلين، وعلى آله وأصحابه أجمعين، والتابعين، ومن تبع هداهم بإحسان إلى يوم الدين، وبعد:

فلا حرج عليك إن شاء الله تعالى إن لم تكن رائحة الأدوية التي تنبعث منك عطرية، بحيث يفوح منك رائحة عطر.
ثم إن المواد الكحولية نجسة عند عامة الفقهاء، وذهب البعض إلى طهارتها مع حرمة شربها، وأنا أرجح قول الأكثرين بالنجاسة.
وعليه فيجب غسل المكان الذي أصابته قبل الصلاة، ولا يحل استخدام الكحول مع وجود غيره من المعقمات الطاهرة، فإن لم توجد المعقمات الطاهرة فيجوز في هذه الحال فقط للحاجة الماسة أو الضرورة.

واسأل الله لكم التوفيق.
والله تعالى أعلم.